Wenn man's genau nimmt ist auch "MP4" nur ein Containerformat - aber ein erheblich weniger flexibles, als es MKV ist - und da es auf MPEG aufsetzt ist es auch in der heutigen Zeit sinnvoller, weil viele CPUs nativ die Dekodierung von MPEG-Inhalten unterstützt (nativ = weniger CPU-Zyklen = weniger Energie).
Alternativ könnte es noch an der Tonspur liegen im mkv File. Sollte da eine Tonspur hinterlegt sind in DD, DTS oder Atmos kann es sein dass das System nix damit anfangen kann. Maybe kann das System nur mit Stereo Ton umgehen.
Ja, das ist auch durchaus denkbar. Meistens liegt es gar nicht an der Dekodierung des MPEG-Streams (aus der MP4-Datei), sondern an der Audio-Pipeline ("Verstärker") der dann mit dem dekodierten Audio-Stream nichts anfangen kann, wenn dieser nicht Stereo ist. Vereinfacht gesagt, die CPU packt die MP4-Datei aus, schickt den Videostream an den Bildschirm und den Audiostream (bspw. eben Dolby Atmos) an den Verstärker, der wiederum die Daten verwirft, weil "nicht unterstütztes Format".
Videos im Auto sind eigentlich schon immer mehr "Abfallprodukt" von vorhandener Hardwareausstattung im Auto (die ja eh irgendeinen Bildschirm ansteuern muss und irgendwie Sound ausgeben muss) und kaum ein Autohersteller gibt hier genaue Spezifikationen aus, was unterstützt wird und was nicht - weil er es meistens selbst nicht weiß. Ich hab zumindest noch nie irgendwo eine Spec eines Autoherstellers gesehen welche über "unterstützt MP4 und MP4" (oder ähnlichem) hinausgeht.